Usuliste ühenduste registrisse kantud
Kirikud:

Eesti Evangeelne Luterlik Kirik (www.eelk.ee)
Eesti Apostlik-Õigeusu Kirik (www.orthodoxa.org; www.eoc.ee)
Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu Kirik (www.orthodox.ee)
Eesti Metodisti Kirik (www.metodistikirik.ee)
Eesti Kristlik Nelipühi Kirik (www.eknk.ee)
Eesti Karismaatiline Episkopaalkirik (www.ekek.ee)
Eesti Karismaatiline Osaduskirik
Rooma-Katoliku Kiriku Apostellik Administratuur Eestis (www.katoliku.ee) +
Ukraina Kreeka-Katoliku Kiriku Kolmekäelise Jumalaema Kogudus Tallinnas
Eesti Uusapostlik Kirik (www.uke.ee)

Koguduste Liidud:

Eesti Evangeelium Kristlaste ja Baptiste Koguduste Liit (www.ekklesia.ee
Adventistide Koguduste Eesti Liit (www.advent.ee)
Eesti Evangeeliumi Kristlaste Nelipühilaste Koguduste Liit
Eesti Evangeelsete ja Vabakoguduste Liit (http://eevl.misjon.ee/)
Eesti Vanausuliste Koguduste Liit (www.starover.ee)
Eesti Kristlike Vabakoguduste Liit (www.elusona.ee)
Eesti Jehoova Tunnistajate Koguduste Liit (www.jehoovatunnistajad.ee)
Taarausuliste ja Maausuliste Maavalla Koda (www.maavald.ee)
Eesti Baha’i Koguduste Liit (www.bahai.ee)

Üksikkogudused (68), sh:

Viimse Aja Pühade Jeesuse Kristuse Kiriku Eesti Kogudus (www.jeesusekristusekirik.ee)
Eesti Juudiusu Kogudus (www.eja.pri.ee)
Eesti Islami Kogudus (www.islam.pri.ee)
Eesti Muhameedlaste Sunniitide Kogudus
Krishna Teadvuse Eesti Kogudus (http://iskcon.ee/)
Tiibeti Budismi Nyingma Eesti Kogudus (www.zone.ee/nyingma/kogudus.htm)
Eesti Budistlik Kogudus Drikung Kagyu Ratna Shri Keskus (www.drikung.ee)
Pärnu Budistlik Kogudus Tiibeti Budismi Keskus Sangye Ling (www.sangyeling.org)
Kogudus Päikese Hiis
Kogudus Tarbatu Hiis
Eesti Evangeelne Vennastekogudus (www.vennaste.ee)
Eesti Evangeeliumi Vennasteühing
Eesti Kristlik Ühinemise Kogudus
Armeenia Apostliku Kiriku Eesti Püha Gregoriuse Kogudus (www.armkirik.ee)